VMD 绘制分子示意图–lammps

读取lammps的data文件

与主界面相对位置：Extensions—Tk Console

# 进入data文件所在目录
cd work_dir
# 读取data文件
topo readlammpsdata **.dat
# 输出VMD可读的psf文件方便后续直接读取
animate write psf read.psf

读取成功

绘制美观的分子示意图

与主界面相对位置：Graphic–representations
Drawing Mrthod：CPK
Resolution 50左右
Create Rep   创建不同的图层
Selected Atoms 选择不同原子
Coloring Method 设置颜色
Material 选择不同材质

渲染出图片

与主界面相对位置：File—Render
第一栏选择 Tachyon
第二栏 设置图片文件名（一定要设置）
第三栏加上 命令中插入 -res 2560 1440

其余部分可选操作

Display

景深

Depth Cueing

视角

Orthographic(正交视图) or Perspective(透视视图)