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并行版本的LAMMPS简易安装教程

1. 下载LAMMPS

LAMMPS官网

下载LAMMPS源码，选择稳定版本，如lammps-22Aug18

2. 检查依赖

LAMMPS依赖以下库：

  • FFT库：FFTW3

  • MPI库：OpenMPI

  • 数学库：BLAS/LAPACK

  • C++编译器：g++

  • C编译器：gcc

  • make工具

在终端中输入以下命令检查依赖是否满足：

mpicc --version
mpirun --version
g++ --version
gcc --version
fftw3-config --version
make --version

如果以上命令没有报错，则说明依赖满足。如果有报错，则需要安装相应的库。

3. 编译LAMMPS

在LAMMPS的src目录下，安装需要使用的包

首先输入：

make ps

此时会显示所有可用的包，状态均为Installed NO: package *，选择需要的包，然后输入：

make yes-MOLECULE
make yes-MC
make yes-kspace
make yes-rigid
make yes-srd
make yes-manybody
make yes-user-meam
make yes-user-uef

以上是本人需要的包，具体需要哪些包，请参考LAMMPS的官方文档。

再次输入：

make ps

此时将要编译的包会显示Installed YES: package *

确认无误后，输入以下命令进行编译：

Make mpi

编译完成后，会在src目录下生成可执行文件lmp_mpi。

4. 运行LAMMPS

在终端中输入以下命令运行LAMMPS：

mpirun -np 4 ./lmp_mpi -in in.lammps

其中，-np 4表示使用4个进程运行LAMMPS，-in in.lammps表示使用in.lammps文件作为输入文件。

open-mpi 安装

wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v2.1/openmpi-2.1.6.tar.gz
tar -zxvf openmpi-4.1.5.tar.gz
cd openmpi-4.1.5
./configure --prefix=/usr/local/openmpi #安装路径根据自己要求更改
make
make install
#在～/.bashrc中添加
#export PATH=/usr/local/openmpi/bin:$PATH
mpirun --version

fftw3 安装

注意：fftw3需要在Makefile中指定安装路径，否则使用的是lammps自带的fft库，性能较差。具体操作请参考LAMMPS官方文档。

wget https://fftw.org/pub/fftw/fftw-3.3.8.tar.gz
tar -zxvf fftw-3.3.8.tar.gz
cd fftw-3.3.8
./configure --prefix=/usr/local/fftw3 --enable-mpi --enable-threads#安装路径根据自己要求更改
make
make install
#在～/.bashrc中添加
#export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/fftw3/lib:$LD_LIBRARY_PATH
mpirun --version